ファイルの読み書きが遅いと感じるときなどには、メンテナンスを行いましょう。
ディスクユーティリティ
ディスクユーティリティを起動し、［ディスクのアクセス権を修復］、［ディスクを検証］を実行します。
［ディスクを検証］を実行し、次のように赤字のエラーが表示される場合には要注意です。
私の環境では、ごっそりファイルを削除すると、ディスクの修復が必要になるケースが多いです。
［ディスクを修復］
起動ディスクには［ディスクを修復］を実行することができません。
Dキー（またはcommand+Rキーを押しながら起動し、ディスクユーティリティを開き、［ディスクを修復］ボタンをクリックします。
Mac OS Xの初期までは、CDなどのメディアを使って起動する必要がありましたが、現在のMacには「復元システム」と呼ばれる起動
セーフモード
起動時にsキーshiftキーを押し続けることでセーフブート（セーフモードで起動）されます。ディレクトリの問題の修復を試みたり、不要なキャッシュを削除しますので、たまに行うとよいでしょう。
ご参考
起動時のキーの使い分け
- Command + R：HDD領域からのリカバリー
- Command + Option + R：インターネットリカバリー（工場出荷初期状態）
Option：起動ディスク選択
追記（2015年5月5日）：
kingtoshさんからコメントいただきました。
セーフブートは、shift keyですよね Sキーはsingle userブートじゃないですか？
ありがとうございます。修正しました。
「私の環境では、ごっそりファイルを削除すると、ディスクの修復が必要になる ケースが多いです」 ← なんかほかに問題があるような気がします。USBにたくさん機器をぶら下げてるとか。それとも電源がへたり気味とか。
「USBにたくさん機器をぶら下げてる」が該当します。なるほど、それが原因になることがあるのですね！